El primer document on apareix el port de Cadaqués és del 1030, en una compra de l’abat de Sant Pere de Rodes als comtes Hug I d’Empúries i Gausfred de Rosselló d’un alou, on s’esmenten cales i accidents de la rodalia (“et infra hos terminos sunt porti majores, id est, Port long, et aliumquem vocant Chulib, aliumque qui vocatur Caput Crucis, et Port ligad, et alium quem dicunt Kadachers, usque ad terminum de Port Iunguis”) que corresponen as Portaló, Culip, el cap de Creus, Portlligat, Cadaqués i Joncus. Els límits d’aquest alou divideixen encara el terme de Cadaqués dels veïns del Port de la Selva i Roses. La població, inicialment de pescadors que devien radicar prop des Poal i es Pianc, el millor lloc de la badia com a port natural, davant els perills de la mar s’hagué de refugiar i fortificar al roquissar des Baluard, i des de l’inici apareix com un condomini entre el monestir de Sant Pere de Rodes i els comtes d’Empúries. El 1280 el comte Ponç V confirmava als cadaquesencs els privilegis concedits pels seus antecessors, que els compensaven en certa manera de les servituds derivades de la condició fortificada del Castell i Vila de Cadaqués, segons els quals els seus habitants només podien ser convocats per a formar part d’una host o cavalcada per accions originades per mar o en la mar. El 1403 el rei Martí l’Humà ordenà que la vila es regís per dotze prohoms elegits lliurement (fins aleshores el consell o universitat es reunia a la plaça o a l’església format per l’assemblea general de tots els veïns). Els primers esments que es refereixen a la parròquia són del 1279 (“ecclesia de Cadaques”) i 1280 (“de Quadaqueris”). Són d’un gran interès per a la vila dos episodis de la fi de la Croada contra Catalunya que recullen les nostres grans cròniques. Segons Muntaner, tingué un paper decisiu en la desfeta de l’esquadra francesa de Guillem de Lodeva al golf de Roses el prohom major o cònsol de Cadaqués dit en Gras i dos nebots seus; en Gras organitzà un discret espionatge que permeté d’avisar de la concentració de forces franceses a la badia de Roses. Segons Desclot, fou a la badia de Cadaqués on, en el curs de les converses entre Roger de Lloria i el comte de Foix, delegat del rei de França per a establir la pau, el gran almirall digué les conegudes paraules: “Mas no creu que nengun peix se gos alçar sobre mar si no porta un escut ab senyal del rei d’Aragó en la coa…”. En la guerra contra Joan II la vila fou lliurada (1470) per Joan Sequeres a les forces del rei, i pocs mesos després fou reconquerida per les de la generalitat. Després dels atacs dels corsaris genovesos, freqüents al llarg dels segles XIV i XV, la política dels Trastàmara de ruptura d’hostilitats amb el món musulmà inicià una llarga etapa de desastres de la pirateria sarraïna: l’any 1444 fou destruït totalment l’arxiu de la vila. Aquestes incursions foren especialment greus i seguides al segle següent; el 1543, 20 galeres i 5 fustes del pirata Barba-rossa expugnaren i cremaren la vila i l’església vella. Les mesures defensives no eren suficients (al cap de Creus hom bastí una torre de defensa, que no es conserva, paral·lela a la del cap de Norfeu, pagada en part pel consell barceloní) i la decadència continuà.
Les epidèmies i les guerres continuaren perjudicant la població al llarg del segle XVII. El 1655, durant l’etapa final de la guerra dels Segadors, Cadaqués es rendí als francesos, i sovint les esquadres europees fondejaren a la badia (el 1674, per exemple, hi hagué gairebé tot l’any una forta esquadra francesa). Té un interès extraordinari per al coneixement de l’activitat dels pescadors, bàsica en l’economia de la població, el Llibre d’ordinacions de la pesquera, conservat a l’arxiu parroquial; comença el 1532, però recull els usos i costums molt més antics que regiren la pràctica de la pesca, d’un col·lectivisme accentuat.
El segle XVIII marcà una recuperació econòmica, amb la intensificació del conreu de la vinya i la producció d’aiguardent, de la tradicional pesca del corall i, sobretot, amb la llibertat de comerç amb Amèrica, que afavorí el desenvolupament de la navegació d’altura. La feina dels corallers és una activitat que ha arribat fins a temps molt recents; tingué un moment d’una gran esplendor a la fi del segle XIX, en què es creà una forta companyia que contractà bussos grecs que resseguiren en profunditat tota la costa altempordanesa (com el llinatge dels Kóntos). L’activitat del contraban ha estat afavorida per l’aïllament de la població i la perícia dels pescadors. Un personatge rellevant d’aquesta època fou l’enginyer militar Joan d’Escofet i Palau (1720-1810), que es destacà en la Guerra Gran.
L’esplendor de la navegació es produí sobretot al llarg del segle XIX, i els capitans, pilots i mariners de Cadaqués tingueren un paper important en la marina catalana vuitcentista; aquests navegants foren una font de riquesa bàsica per a la vila. Segons Madoz (1846), el port era cap de districte marítim i tenia duana (ja citada per Zamora). Dualtra banda, Cadaqués restà força al marge de les guerres contra Napoleó i les carlines. La Restauració marcà una gran prosperitat.
La població i l’economia
Els anys d’esplendor econòmica dels segles XVIII i XIX es reflecteixen en el procés demogràfic: de 708 h el 1718, la població (cadaquesencs) passà a 1.598 h el 1787 i a 2.418 el 1860; la fil·loxera marcà una gran onada d’emigració a Amèrica, especialment a Cuba, i el cens del 1900 registra 1.557 h. El descens continuà lent i gradual fins al 1960 (1.078 h), i des d’aleshores inicià una recuperació (1.272 h el 1970, 1.801 h el 1989 i 2.024 h el 2001 i 2.623 h el 2005), afavorida pel turisme.
Els antics boscos foren talats ja en època del domini de Sant Pere de Rodes, es consumí una gran quantitat de fusta en la pesca a l’encesa i els boscos comunals anaren desapareixent; les aigües pluvials descarnaren la terra, i el sistema de feixes amb parets seques salvà el país d’una total degradació del terreny. Les vinyes arribaren als llocs més elevats de la muntanya i la producció de vi i de garnatxa permeté l’exportació a Itàlia, França, la resta de l’Estat espanyol i, des de la llibertat de comerç amb Amèrica, també a aquest continent. L’època d’or de la vinya coincidí, als segles XVIII i XIX, amb la de la navegació, i els anys de màxima riquesa econòmica de la població foren els de la segona meitat del segle XIX, quan la fil·loxera havia arruïnat les vinyes franceses i no havia arribat encara a les nostres terres. Actualment l’agricultura té poc pes econòmic.
La mort dels ceps (1880) fou una terrible desgràcia, i una considerable part del terme restà erma; els vessants més baixos i propers a la població foren plantats d’oliveres, i el seu conreu, malgrat els estralls que feren les gelades del 1956, ocupa més del 80% de les terres conreades. Un molí d’oli o trull assorteix el consum local. Hi ha petites extensions de vinya i horts al voltant de la vila.
L’activitat pescadora —bàsica en la història de la vila— ha perdut tota la seva importància davant la creixent funció de lloc residencial i turístic. Resten unes poques barques al port de pescadors de la vila: Portlligat. La tradicional elaboració d’anxoves es manté a nivells casolans i per al consum local. La major part de la indústria de Cadaqués és constituïda per empreses de construcció, activitat que aplegava el 25,4% de la població ocupada el 2001; segueixen les d’alimentació, fusta i metall en menor nombre. El sector del serveis, a què es dedicava el 65,4% de la població ocupada, és el més important gràcies al turisme.